1、有机肥含有有机物质可以提高土壤营养成分，但化肥只供应作物无机营养，其长期应用的土壤是不好的。
  
  2、有机肥含有多种养分平衡和完成，而化肥养分单一，长期使用会使土壤和食品营养不均衡。
  
  3、有机肥养分含量低，因此需要大规模的应用，但化肥养分含量高和低的应用
  
  4、有机肥肥效持续时间长；化肥肥效短而强，但很容易使养分流失和环境污染
  
  5、有机肥来自自然无任何化学原料，提高农产品质量；化肥属于化学合成物质，使用不当会降低产品的质量
  
  6、有机肥处理只需要烂，提高抗旱、抗病、抗虫能力，减少农药的使用量；化肥减少长时间使用–植物免疫，它需要大量的化学农药来维持植物生长，容易增加食品有害物质。
  
  7、有机肥含有大量有益微生物促进土壤生物转化处理，以提高土壤肥力的优点；但化肥会抑制土壤微生物的活动，导致自动调节能力下降。